Epidemiat maailmalla

[tjmies]

Bloomberg haastattelee WHO:n asiantuntijaa.

Video otsikoitu "WHO China Representative Says Coronavirus Case Numbers in Decline" (linkki tässä)

Näin otsikon ja ajattelin että vihdoinkin hyviä uutisia, ilmeisesti parantuneiden määrä on vihdoin noussut enemmän kuin uusia tartuntoja on todettu.


Katsoin videon ja.... ei. Korona virus tapausten määrä ei ole laskenut yhtenäkään päivänä, ei kertaakaan. Video oli muutenkin vähintään hämmentävä. Ilmeisesti asintuntijaa haastateltiin koska hän oli ollut paikan päällä ja osaisi sanoa jotain. Oli ollut Hubeissa ennenkuin "lock-down" astui voimaan.
Viimeisin John Hopkinsin trakkerin mukainen data (päivältä jolta data on jo syötetty eli eiliseltä 9.2.2020) sanoo että päiväkohtainen muutos "parantuneissa" +600 ja muutos uusissa tapauksissa on +3000.

Eli siis otsikko on täysin fuulaa. Jos otsikointi olisi johtanut harhaan/vääristellyt tietoa toiseen suuntaan, niin veikkanpa että huutoa olisi tullut. Mutta fake news on fake news vain joskus.

27.1.2020 alkaen jolloin kiinassa oli todennettu tartuntoja ~4400 kpl on päivittäinen uusien tartuntojen määrä vaihdellut välillä 1500-4000. Uusien tartuntojen määrä on suhteessa todettuihin tartuntoihin mukavassa lasku-trendissä. Kokonaismäärä tuosta 27.1.2020 on noin 10-kertaistunut, mutta päivittäin todennettujen uusien tapausten määrä ei ole merkittävästi noussut.

Toivon, että se kertoo siitä että jokin tai jotkut tekijät - ehkäpä erinäiset liikkumisrajoitukset, vähentynyt sosiaalinen kontakti ja muu varautuminen sekä tartuntariskin vähentämiseen pyrkivät muut henkilökohtaiset toimet - ovat johtaneet tarttuvuuden laskuun. Pelkään että selittävänä tekijänä saattaa olla myös rajoitteet testaus-/hoitokapasiteetissa.

p.s. Kaikille niille jotka huutavat että Kiina on vääristellyt tilastoja, suosittelen vertamaan tapausten kasvukäyriä kiinassa vs muualla maailmassa.
En ole tilastotieteilijä enkä epidemilogi, mutta ne on mielestäni sen verran saman näköiset että sen suhteen suosittelisin hiukan jäitä hattuun. Jos muutaman seuraavan päivän aikana päädytään tilanteeseen että kiinan ulkopuolisten tapausten määrän prosentuaalinen kasvu eroavat kiinan kasvusta niin merkittävästi että ei ole helposti selitettävissä sillä että Kiina on ainoa paikka jossa on tehty radikaaleja toimia leviämisen estämiseksi, niin sitten katsellaaan tilannetta uusiksi.

 

[Tetra]

https://twitter.com/x/status/1225802856478822400

 

[Tetra]

Eli kyllä tämä ikävä kyllä näyttää vakavuuden suhteen paljon pahemmalta kuin esim. ns. Espanjantauti. Ehkä sopiva vertauskohta voisi olla konventionaalisin asein käytävä kolmas maailmansota.

Olen täysin eri mieltä. Mutta turha tästä on enemmän jauhaa.

---

Kunpa ihmiset muistaisivat myös virheelliset ennustuksensa. Ihmisillä on kyllä tapana muistaa ne kerrat, kun he olivat oikeassa, mutta unohtaa kaikki virheelliset ennustukset.

 

[Tetra]

 

[Tumppi]

GitHub - calthaus/ncov-cfr: R code and documentation to estimate case fatality ratio of COVID-19 from cases outside China

R code and documentation to estimate case fatality ratio of COVID-19 from cases outside China - calthaus/ncov-cfr

github.com

Kiinan ulkopuolella tehty arvio & laskutapa.

 

[Huhta]

Johannes Tjendro... singaporensuomalaisia?

 

[Torstoi]

Mä oon ollut Wuhanin viiruksen suhteen se pahanilmanlintu, joka on toitottanut kaikkea ikävää - ja toisinaan vähän aikaisemmin kuin muut.

Nyt on ihan kiva heittää hyviä uutisia sekaan. Uuden julkaistun tutkimuksen mukaan:

- Mietoja tapauksia aika iso osa.
- Keuhkokuumeen saa vain 17%.

En näkisi tuota "mietojen" tapausten suurta osuutta välttämättä hyvänä asiana. Nuo miedot tapaukset helpottaa taudin leviämistä eteenpäin, koska hoitoon ei välttämättä hakeuduta. Sitkeät sissit jatkaa töissä ilman sairaslomapäiviä ja tartuttaa samalla kaikki muut. Toisaalta jos tuo R0 on vain 2.2 niin eipä tuo ilmiö tämän taudin kohdalla ole mitenkään erityisesti realisoitunut.
Ja jos tauti on etenee keuhkokuumeen tasolle niin noin joka viides kuolee tautiin?

 

[jak]

En näkisi tuota "mietojen" tapausten suurta osuutta välttämättä hyvänä asiana. Nuo miedot tapaukset helpottaa taudin leviämistä eteenpäin, koska hoitoon ei välttämättä hakeuduta. Sitkeät sissit jatkaa töissä ilman sairaslomapäiviä ja tartuttaa samalla kaikki muut. Toisaalta jos tuo R0 on vain 2.2 niin eipä tuo ilmiö tämän taudin kohdalla ole mitenkään erityisesti realisoitunut.
Ja jos tauti on etenee keuhkokuumeen tasolle niin noin joka viides kuolee tautiin?

Työterveyslääkärille vaan. Hyvässä lykyssä kaksi päivää lommaa siinä on ihan sitten sama meneekö vai ei.

 

[ctg]

A GP practice in Brighton has been temporarily closed after a staff member tested positive for the coronavirus.

Patients at the city's County Oak medical centre have been advised to contact the NHS 111 phone service if they have concerns.

Two of the eight people diagnosed in the UK are healthcare workers.

The Department of Health has called the virus a "serious and imminent threat" to public health, but the overall risk to the population is "moderate".

However, the risk to individuals is low, the department said.

Coronavirus closes Brighton GP practice

The move comes as the number of UK cases doubles, and ministers toughen rules on quarantine.

www.bbc.co.uk

Confirmed transmission routes of the novel coronavirus include direct transmission, contact transmission and aerosol transmission, a Shanghai official said on Saturday.

“Aerosol transmission refers to the mixing of the virus with droplets in the air to form aerosols, which causes infection after inhalation, according to medical experts,” said Zeng Qun, deputy head of the Shanghai Civil Affairs Bureau.

“As such, we have called on the public to raise their awareness of the prevention and control of the disease caused by family gatherings,” said Zeng during at a daily media briefing by the municipal government regarding efforts to contain the spread of the virus.

https://www.chinadaily.com.cn/a/202002/08/WS5e3e7d97a310128217275fc3.html

Close Coronavirus could have incubation period of 24 days — 10 days longer than previously thought Research says coronavirus ‘spreads rapidly by human-to-human transmission’ Kate Ng 1 hour ago Medical researchers in China have found the incubation period for coronavirus ranges up to 24 days — 10 days longer than experts previously thought. The research was co-authored by Dr Zhong Nanshan, who discovered the SARS coronavirus in 2003 and has been appointed as a leading advisor in managing the current coronavirus crisis.

Coronavirus could have incubation period of 24 days — 10 days longer than previously thought

Research says coronavirus ‘spreads rapidly by human-to-human transmission’

www.independent.co.uk

Based on calculations, the authors of the larger study estimate the novel coronavirus has an R0 of 2.2, meaning each case patient could infect more than 2 other people. If accurate, this makes the 2019 nCoV more infectious than the 1918 influenza pandemic virus, which had an R0 of 1.80 (interquartile range: 1.47 to 2.27).

This is the largest epidemiological study to date to suggest clear evidence of human-to-human transmission in Wuhan during the first 2 months of the outbreak, as cases increased after the closing of the seafood and live-animal market in Wuhan that was connected to many early cases. It is also the first peer-reviewed estimate of an R0, a slippery number scientists have been grappling with in the last few weeks as they try to predict the potential global reach of nCoV.

"Although the majority of the earliest cases were linked to the Huanan Seafood Wholesale Market and the patients could have been infected through zoonotic or environmental exposures, it is now clear that human-to- human transmission has been occurring and that the epidemic has been gradually growing in recent weeks," the authors wrote.

To establish the epidemiologic pattern of the virus, the authors grouped the patients into three "waves": Those ill before Jan 1 (47 cases), those ill from Jan 1 through Jan 11 (248), and those symptomatic Jan 12 and later (130). Healthcare workers were infected in waves 2 and 3 only (10 cases total), and, by wave 3, 73% of case-patient had no exposure to either the seafood market or people with respiratory symptoms.

Data suggest nCoV more infectious than 1918 flu, but what does that mean?

The R0 was found to be 2.2, the number of people each patient might infect.

www.cidrap.umn.edu

Police have been given the power to seize people trying to escape coronavirus quarantine and force them back into isolation in handcuffs, the government announced today. A new law was hurriedly brought into force after a patient staying at Arrowe Park Hospital on the Wirral reportedly tried to leave before completing the 14-day stay after his return from China. Government sources said those who returned to the UK on the evacuation flights on January 31 were given a 'very clear choice' and had to sign contracts saying they would remain in isolation for a fortnight. But a source involved with the Arrowe Park incident said: 'We found we didn't have the necessary enforcement powers to make sure they didn't leave'. Police will now be able to force people to remain in the units and, if they leave, to arrest them for committing an offence and take them back to the quarantine facility, MailOnline understands.

UK Home | Daily Mail Online

MailOnline - get the latest breaking news, showbiz & celebrity photos, sport news & rumours, viral videos and top stories from MailOnline, Daily Mail and Mail on Sunday newspapers.

www.dailymail.co.uk

Everything's fine. Nothing to worry. Go back to sleep. The situation is under control.

 

[Pihatonttu]

Uusien tartuntojen määrä on suhteessa todettuihin tartuntoihin mukavassa lasku-trendissä. Kokonaismäärä tuosta 27.1.2020 on noin 10-kertaistunut, mutta päivittäin todennettujen uusien tapausten määrä ei ole merkittävästi noussut.

Toivon, että se kertoo siitä että jokin tai jotkut tekijät - ehkäpä erinäiset liikkumisrajoitukset, vähentynyt sosiaalinen kontakti ja muu varautuminen sekä tartuntariskin vähentämiseen pyrkivät muut henkilökohtaiset toimet - ovat johtaneet tarttuvuuden laskuun. Pelkään että selittävänä tekijänä saattaa olla myös rajoitteet testaus-/hoitokapasiteetissa.

Aika useat Kiinan sisältä tulevat tietolähteet väittävät että testi ovat loppu. Ei todeta vahvistettuja uusia tapauksia kun ei ole millä todeta.

Monet lähteet sanovat myös että sairaaloihin ei juuri pääse. Ei todeta uusia tapauksia kun ei pääse sinne missä voisi tulla testatuksi (jos olisi testejä).

p.s. Kaikille niille jotka huutavat että Kiina on vääristellyt tilastoja, suosittelen vertamaan tapausten kasvukäyriä kiinassa vs muualla maailmassa.

Vertaapa Hubein kuolleisuuslukuja ja muun Kiinan kuolleisuuslukuja toisiinsa ja katso kehtaatko sen jälkeen toistaa tuon kommentin.

Muu maailma on noin 19 vrk Kiinaa jäljessä. Muualla ei ole paria paattia lukuunottamatta ylitetty/julkaistu sellaista tartuttajien tiheyttä missä tartuttajien löytäminen ja eristäminen kävisi mahdottomaksi. Kun niin käy, niin edessä on eksponentiaalista kasvua.

 

[Pihatonttu]

Olen täysin eri mieltä. Mutta turha tästä on enemmän jauhaa.

Kunpa ihmiset muistaisivat myös virheelliset ennustuksensa. Ihmisillä on kyllä tapana muistaa ne kerrat, kun he olivat oikeassa, mutta unohtaa kaikki virheelliset ennustukset.

Jos olen väärässä niin olen onnellinen.

Netti kyllä muistaa ja muistuttaa jos erehdyn rajusti.

Asian laatu on sellainen että toiseen suuntaan erehtymisestä seuraa häpeää, toiseen taas voi seurata paljon pahempia asioita.

Voin jopa tunnustaa äänestäneeni lompakolla noin 50€ per perheenjäsen -tasolla hyvin säilyvän ja perheessä muutenkin kuluvan materian muodossa. (Ruoka+ hygienia.)

 

[Pihatonttu]

Toisaalta jos tuo R0 on vain 2.2 niin eipä tuo ilmiö tämän taudin kohdalla ole mitenkään erityisesti realisoitunut.
Ja jos tauti on etenee keuhkokuumeen tasolle niin noin joka viides kuolee tautiin?

R0 arviot vaihtelevat rajusti. Ehkä paras arvio leviämisestä saadaan tuplaantumisaikojen perusteella?

Mä oon saanut sen kuvan, että jos vakavasti sairas potilas saadaan tehohoitoon, lisähapelle ja sekundäärisiä bakteeriperäisiä jälkitauteja estävään antibioottimyllytykseen, niin kuolleisuuden todennäköisyys jää pieneksi.

Mutta sitten kun tehohoidon paikat loppuvat, sairaalat ovat ylitäysiä, happiviiksiä ei riitä ja henkilökunta alkaa sairastella onkin edessä raju kuolleisuusprossan nousu.

Eli kuolleisuutta pitäisi ennakoida skenaarioliukumana riittävästä resurssoinnista lähes täydelliseen resurssoimattomuuteen asti.

Helpoin tapa käsitellä skenaarioliukumaa lienee se, että käsittelee asiaa aivan kuin kahtena rinnakkaisena tilanteena joilla on erilaiset reunaehdot. (Ainakaan mun aivoilla juuri muu ei onnistu.) Eli ei käsittele liukumana vaan erillisinä.

Multa loppuu osaaminen näiden arvioiden kanssa aika nopeasti.

 

[Passi]

Vanhaa lehtijuttua.

 

[ctg]

Laittakaa volumit minimille jos katsotte. Kanava on Taiwanista, ja alussa on kymmenisen minuuttia raakoja toimenpiteitä. En ymmärrä ihmisten asuntojen tuhoamista ollenkaan.

 

[vonrehausen]

Kings college:

Summary Report 4 We present case fatality ratio (CFR) estimates for three strata of 2019-nCoV infections. For cases detected in Hubei, we estimate the CFR to be 18% (95% credible interval: 11%-81%). For cases detected in travellers outside mainland China, we obtain central estimates of the CFR in the range 1.2-5.6% depending on the statistical methods, with substantial uncertainty around these central values. Using estimates of underlying infection prevalence in Wuhan at the end of January derived from testing of passengers on repatriation flights to Japan and Germany, we adjusted the estimates of CFR from either the early epidemic in Hubei Province, or from cases reported outside mainland China, to obtain estimates of the overall CFR in all infections (asymptomatic or symptomatic) of approximately 1% (95% confidence interval 0.5%-4%). It is important to note that the differences in these estimates does not reflect underlying differences in disease severity between countries. CFRs seen in individual countries will vary depending on the sensitivity of different surveillance systems to detect cases of differing levels of severity and the clinical care offered to severely ill cases. All CFR estimates should be viewed cautiously at the current time as the sensitivity of surveillance of both deaths and cases in mainland China is unclear. Furthermore, all estimates rely on limited data on the typical time intervals from symptom onset to death or recovery which influences the CFR estimates.

Case fatality ratio Hubeissa ehkä jopa 18%

https://www.imperial.ac.uk/media/im...ial-College-2019-nCoV-severity-10-02-2020.pdf

 

[Tetra]

Kings college:



Case fatality ratio Hubeissa ehkä jopa 18%

https://www.imperial.ac.uk/media/im...ial-College-2019-nCoV-severity-10-02-2020.pdf

Joo. Heidän arvionsa on, että CFR on 1% kun kaikki tapaukset huomioidaan, ja 18% Hubeissa. Hubeissa jää tunnistamatta lieviä tapauksia, joka nostaa kuolleisuutta.

"It is important to note that the differences in these estimates does not reflect underlying differences in disease severity between countries. CFRs seen in individual countries will vary depending on the sensitivity of different surveillance systems to detect cases of differing levels of severity and the clinical care offered to severely ill cases. A"

 

[Pihatonttu]

Kings college:

Case fatality ratio Hubeissa ehkä jopa 18%

https://www.imperial.ac.uk/media/im...ial-College-2019-nCoV-severity-10-02-2020.pdf

Tuo on aika lähellä sitä haarukkaa johon olen arvioinut kuolleisuusluvut tartunta-aikakorjattuina.

Kuolleisuus tartunta-aikakorjaamattomana 3% ja tartunta-aikakorjattuna 6-15%...

Olen todella onnellinen jos olen väärässä.

...Dr. John Campbell viittaa jatkuvasti Kiinasta tulevien tietojen epäluotettavuuteen. Tehdessään leviämisen dynamiikkaa selittävän laskelman hän käytti kuolleisuusprosenttia 15%.

...pidän itse lähes varmana sitä, että todellinen tuplaantumisvauhti on tällä hetkellä 3-5 vrk. Itse painotan haarukkaa 3-4 vrk.

Oma tartunta-aikakorjaamaton lukuni on 3.0-3.1%

...todellinen kuolleisuus menee yli 12%.

Näin ollen pidän tätä virusta vittumoisimpana vitsauksena viimeiseen sataan vuoteen - pahempana kuin kukaan meistä on koskaan nähnyt.

Hysteerisintä itsensärauhoittelulinjaa ovat edustaneet ne, jotka ovat yrittäneet uskotella itselleen - ja samalla muille - että kuolleisuusprosentit ovat samoissa kausi-influenssojen kanssa. Toki kyse voi olla hysterian sijaan myös matematiikkaneutraalien laskentatapojen käyttämisestä.

Oma riskiarvioni on poikennut koko ajan esim. WHO:n, THL:N jne. julkaisemista.

On kiinnostavaa nähdä päivittävätkö ne omiaan ja jos, niin milloin ja mihin suuntaan. THL:n Jussi Sane ei ole vielä päivittänyt edes SARS-lukujaan todellisiksi (eli niin että Kiinan kaunisteluja ei lasketa mukaan). Näin ollen lienee realistista odottaa Wuhan virukselle päivitettyjä kotimaisia viranomaislaskelmia aikaisintaan noin vuonna 2040.

Koronavirus on aiheuttanut paljon huolta, vähän kuolemantapauksia – STM: Vielä ei ole tietoa, onko tauti ärhäkkä vai lievä

Viruksen on arvioitu tappavan noin kaksi prosenttia infektion saaneista. Aiemmat virusepidemiat vaikuttavat olleen vaarallisempia.

yle.fi

Sama hyypiö selittelee mediassa miten lomamatkoja ei kannata perua ja tauti ei muka leviä ilmateitse - eli täysin vastuutonta ja valheellista roskaa joka vaikeuttaa epidemian rajaamista ja lisää sitä todennäköisyyttä että pöpö aiheuttaisi hallitsemattoman kriisin myös Suomessa.

Toivottavasti joutuu joskus vastuuseen noista lausunnoista.

Talvilomalaisten ei tarvitse pelätä koronavirusta – esimerkiksi Thaimaassa tartuntariski on erittäin pieni, arvioi THL

Talvilomalle kohta suuntaavien suomalaismatkailijoiden todennäköisyys saada koronavirustartunta on erittäin pieni, ellei matka satu suuntautumaan Kiinaan.

www.karjalainen.fi

 

[Tetra]

@Pihatonttu huomasitko tämän? Tuo tutkimus arvioi kuolleisuudeksi 1%.

"obtain estimates of the overall CFR in all infections (asymptomatic or symptomatic) of approximately 1% (95% confidence interval 0.5%-4%)"

 

[Pihatonttu]

@Pihatonttu huomasitko tämän? Tuo tutkimus arvioi kuolleisuudeksi 1%.

"obtain estimates of the overall CFR in all infections (asymptomatic or symptomatic) of approximately 1% (95% confidence interval 0.5%-4%)"

En tiedä huomasitko, mutta kommentoin tällä samalla sivulla kuolleisuuslukujen suurta haarukkaa, syytä siihen ja esitin oman osaratkaisuni.

Mä oon saanut sen kuvan, että jos vakavasti sairas potilas saadaan tehohoitoon, lisähapelle ja sekundäärisiä bakteeriperäisiä jälkitauteja estävään antibioottimyllytykseen, niin kuolleisuuden todennäköisyys jää pieneksi.

Mutta sitten kun tehohoidon paikat loppuvat, sairaalat ovat ylitäysiä, happiviiksiä ei riitä ja henkilökunta alkaa sairastella onkin edessä raju kuolleisuusprossan nousu.

Eli kuolleisuutta pitäisi ennakoida skenaarioliukumana riittävästä resurssoinnista lähes täydelliseen resurssoimattomuuteen asti.

Helpoin tapa käsitellä skenaarioliukumaa lienee se, että käsittelee asiaa aivan kuin kahtena rinnakkaisena tilanteena joilla on erilaiset reunaehdot. (Ainakaan mun aivoilla juuri muu ei onnistu.) Eli ei käsittele liukumana vaan erillisinä.

Multa loppuu osaaminen näiden arvioiden kanssa aika nopeasti.

Eli:

Eri olosuhteissa saadaan erilaisia kuolleisuusprosentteja. Ne ovat kaukana toisistaan. Ne ovat silti päteviä, mutta vain siinä skenaarioavaruudessa josta ne on saatu.

Sen vuoksi tarkastelu pitäisi tehdä skenaarioliukumana.

Oma ymmärrykseni tai keinot eivät riitä siihen. Oikaisen niin että käsittelen niitä erillisinä mutta rinnakkaisina/lomittuvina skenaarioina. Tällä tavoin on mahdollista saada aika hyviä likiarvoja.

Käytän samaa skenaarioavaruusajattelua myös leviämistä arvioidessani.

En tiedä onko tuollainen mallintamisen tapa millään tavoin virallinen, matemaattisesti tai tilastollisesti hyväksytty tai onko sitä edes oman ajatteluni ulkopuolella olemassa.

Mulla on sellainen tapa, että jos en heti löydä valmista mallintamistapaa, niin luon sellaisen. Yleensä teorianmuodostus on helpompaa ja nopeampaa kuin etsiminen.

Esimerkkinä nyt vaikka tuo lomittuvien skenaarioavaruuksien skeema tässä. Kai sellaisia malleja on jossain, mutta mulle on helpompaa ja nopeampaa luoda sellainen kuin etsiä valmista.

 

[Tetra]

En tiedä huomasitko, mutta kommentoin tällä samalla sivulla kuolleisuuslukujen suurta haarukkaa, syytä siihen ja esitin oman osaratkaisuni.

Tapanani on skipata viestejä eli en lue läheskään kaikki viestejä. Luin viestisi nyt. Hubein tapauksessa tutkimuksen tekijät pitää yhtenä syynä korkealle CFR:lle sitä, että Hubeissa jää paljon lieviä tapauksia diagnosoimatta. Se tietysti nostaa kuolleisuutta.

Terveydenhuoltojärjestelmän ruuhkautuminen toki vaikeuttaa vakavien tapauksien hoitoa, mutta se myös vaikeuttaa lievien tapauksien diagnosointia.


Bloomberg uutisoi tuosta tutkimuksesta näin