Valtiorikosoikeus antoi Yrjö Kalliselle heinäkuussa 1918 uuden kuolemantuomion, vaikka useat valkoiset tukijatkin vetosivat hänen puolestaan. Hänen tuomionsa lähetettiin uudelleen käsiteltäväksi, jollon hänet vapautettiin.
Hän tiesi olevansa syytön. Hänet tunteneet ihmiset Oulussa tiesivät hänet syttömäksi. Kuitenkin valkoisten hallitsema oikeusistuin langetti hänelle väärän tuomion.
Myöhemmin hänelle tuomittiin elinkautinen vankeusrangaistus. Hän kieltäytyi anomasta sen kumoasta tasavallan presidentiltä, koska tunsi omat ansionsa. Hänet vapautettiin yleisellä armahduksella joulukuussa 1921.
Valtiorikosoikeuden langettamat kuolemantuomiot olivat yleisesti ottaen laittomia useiden asiantunrijoiden mukaan. Suomessa ei oltu julistettu sotatilaa eikä rauhan aikana olisi saanut antaa kuolemantuomioita kenellekään. Myöhäistä on tietenkin muuttaa historian kulkua, mutta valkoisten kostonhalu oli suuri ja tuomiot ns. punaisille olivat ankarat. Lisäksi vankileireillä kuoli ihmisiä huonoissa oloissa ilman, että heitä olisi ehditty tutkia. Vääriä ilmiantoja tehtiin ym. Hyvillä suhteilla saattoi saada lievemmän tuomion jne.
Yrjö Kallisen tuomio oli niin virheellinen, että sitä voisi käyttää esimerkkinä oikeusistuimen väärästä toimintatavasta. Riippumatta puoluekannasta, oikeusistuimien toiminta kansalaissodan jälkeen oli häpeällinen kausi Suomen historiassa. Nyt jälkeenpäin asiaa on vaikea ymmärtää.