Euroopan olosuhteisiin se ei alkuun sopinut. Siihen tehtiin kaikkiaan yli 2000 erilaista muutosta ennen kuin se alkoi pysyä taivaalla. Saksan 916 koneesta 292 putosi, mikä vaati 115:n lentäjän hengen. Vuonna 1965 eräs Suomenkin kansalainen liittotasavallan lentäjänä. Muistelen, että hän olisi kertonut kurssiltaan pudonneen 26. Vieläköhän Wolfgang Filor, 1980-luvulla Ala-Malmin yläasteella ja Jakomäessä saksanopettajana ollut entinen Starfighter-lentäjä on elossa? Hän kertoi minulle sen teknisen syynkin, miksi ne putosivat. Olen unohtanut. Ei se matalalennoista johtunut. Jonkin jutun jäätymiseen se liittyi.
Homma ei mennyt noi.
Vaan näin.
J79 oli uusi moottori, jonka kehitys jatkui koko YF-104A-testivaiheessa ja F-104A: n palveluksessa. Moottorissa oli muuttuvasiipinen turbiinin kompressorivyöhyke, jossa olikin suunnitteluvirhe, joka muutti turbiinin siipien kulmaa automaattisesti korkeuden ja lämpötilan mukaan. Tilan, joka tunnetaan nimellä "T-2-nollaus", normaali toiminto, joka käänsi kompressorin siipien kohtauskulman, aiheutti useita moottorin vikoja lentoonlähdössä. Todettiin, että suuret ja äkilliset lämpötilan muutokset (esim. Pysäköimättä auringonpaisteessa ennen käynnistystä) aiheuttivat vääjäämättä moottorin turbiinin siipien sulkemisen ja ahtosuhteen romahduksen.
Hallitsemattomat siivenkärkisäiliöt repäisi yhden siiven pois F-104B: stä; tämä ongelma ilmeni XF-104-prototyypin testauksen aikana ja lopulta ratkaistiin täyttämällä säiliöosastot tietyssä järjestyksessä.
Myöhemmät ongelmat.
Lisäongelmana oli se, että työntövoiman stabiiliuden takaavan (yleensä moottorin hydrauliikan paineen menettämisen vuoksi) suihkukanavan aukon säätö petti, kun suuaukon säädintä käytettiin käyttämällä moottoriöljyä hydrauliöljynä vaikka moottori toimisi normaalisti suurella teholla, kanavasäätimen avautuminen johti voimakkaaseen ja täydelliseen työntövoiman menetykseen. Koneisiin asennettiin manuaalisen suuttimen sulkemisohjauksen, joka poisti ongelman. Moottorin tiedettiin myös oikuttelevan jälkipoltolla startissa ja jos näin kävi, niin suositeltava toimenpide oli startin keskeytys.
Ensimmäinen kuolemaan johtanut onnettomuus Saksan palveluksessa aiheutui tästä ilmiöstä. Jotkus tuli myös hallitsematonta "stick kicker" aktivointia matalalennossa, joten F-104 miehistöt usein lensi järjestelmän ollessa deaktivoitu. Asymmetristen laippojen käyttöönotto oli toinen yleinen onnettomuuksien syy, samoin kuin pysyvä ongelma, johon ei löydetty ratkaisua, oli vaikea nokkapyörän "woblaaminen" laskeutumisessa, joka yleensä johti ilma-aluksen hallinnan menetykseen laskussa, kapean telineen myötä.
Saksan palveluksessa.
Erittäin teknisen ilma-alustyypin käyttöönotto hiljattain uudistetulle ilmavoimelle oli täynnä ongelmia. Monet lentäjät ja maahenkilöstö olivat sopeutuneet siviilitoimiin toisen maailmansodan jälkeen ja eivät olleet pysyneet kehityksen mukana, ja lentäjät koulutettiin lyhyillä "uusinta" kursseilla hitailla ja helpoilla ensimmäisen sukupolven suihkukoneissa. Pilotit saivat lentää vähän ja vähäisellä koulutuksella, mikä oli seurausta maan tavasta, jolla oli suuri palveluhenkilöstön vaihtuvuus. Toiminta huonoissa luoteis-eurooppalaisissa sääolosuhteissa (huomattavasti toisin kuin Luke AFB: n arizonan normaalit sääolosuhteet) ja lentäen matalalla suurella nopeudella mäkistä maastoa myötäiltäessä, monet onnettomuudet johtui hallinnan menetyksestä matalalla (CFIT). Saksan ilmavoimien ja laivaston menetykset olivat yhteensä 110 lentäjää, joista noin puolet oli merivoimien pilotteja.
Yksi tähän liittyvä tekijä oli F-104: n operatiivinen saksalaisessa palveluksessa: sitä käytettiin lähinnä hävittäjäpommittajan. Paljon alemman tason operaatioprofiilien lisäksi F-104G-versiossa, kuten inertiasuunnistusjärjestelmässä, lisättiin paljon enemmän huomiota pilottiin ja järjestelmien lisäpainoon, joka vaikeutti lentokoneen lento-ominaisuuksia. Eräässä saksalaisissa aikakauslehtiartikkeleissa, joissa korostettiin Starfighterin turvallisuusongelmia, kone kuvataan "ylikuormitetuksi" tekniikalla, jota pidettiin lentokoneiden piilevänä ylikuormana.
Vuonna 1966 Johannes Steinhoff otti hallintaansa Luftwaffen ja uudelleenkoulutti koko Luftwaffe- ja Bundesmarine F-104 -laivaston, kunnes hän oli tyytyväinen siihen, että ongelmat oli ratkaistu tai ainakin vähentynyt. Myöhempinä vuosina saksalainen turvallisuus parani, vaikka siipien rakenneongelmista syntyi uusi ongelma. Alkuperäisillä väsymälaskelmilla ei ollut otettu huomioon saksalaisen F-104-laivaston suuria g-voimankäyttökertoja, ja monet koneet palautettiin varastopaikkaan siiven korvaamisesta tai suorastaan pois palveluksesta. Luftwaffe-palvelun loppua kohti jotkin ilma-alukset on muunnettu kuljettamaan lennonrekisteröintilaitetta tai "mustaa laatikkoa", joka voisi antaa selvityksen onnettomuuden todennäköisestä syystä. Erich Hartmann katsoi, että F-104 oli vaarallinen lentää, jolla oli vain jatkuvia epäonnistumisia.